喉气管食管裂的并发症有许多，其中最常见的是吸入性肺炎，吸入性肺炎也会导致一系列的问题，如患儿高烧，反复高烧不退，患儿无故哭闹，肢体动作活动明显增加等。X线肺部可见肺纹理增粗，甚至肺部阴影，有时会堵塞气管，致使患儿呼吸困难，吮乳后呛咳等。

　　其它的并发症包括食管闭锁、食管气管瘘、胎粪性肠梗阻等，都是喉气管食管裂的常见并发症。