喉气管食管裂是会痛的。婴幼儿常见，喂食后出现呛咳、呼吸困难、唾液多、哭声低等表现时应考虑喉气管食管裂的可能。严重的可能导致呛咳后吸入性肺炎，甚至呛咳后阻塞气管，致使患儿呼吸困难窒息，然后死亡。

　　在患儿进食过程中患儿会口腔会分泌唾液酸等分泌物，唾液是一种酸性液体，会对喉气管食管裂口有腐蚀的危害，酸性溶液腐蚀裂口会致患者疼痛，这也是患儿会疼痛的原因之一。