进行无痛胃肠镜检查的时候是有一些副作用的，因为在使用静脉麻醉药的过程中，有可能会出现病人的恶心、呕吐，甚至有可能会出现误吸的情况，需要严格掌握麻醉前的禁食时间，必须在四到六个小时以上。在检查的过程当中，需要检测生命体征的变化，以免发生高血压、低血压等等。

　　有一些患者在苏醒以后，有可能会出现头晕、嗜睡、乏力等症状，休息后绝大多数的患者是可以很快缓解的。无痛胃肠镜检查的时候，由于病人处于深度睡眠，无法对检查过程及时的反馈，也有可能会导致出血、穿孔的风险增大。