三尖瓣下移畸形的发病原因不详，大多和孕妇在胚胎时期受到有害因素的影响有关。在胚胎发育的两周左右，是心脏开始形成的时期，如果在此时孕妇出现了病毒感染、药物的损害或者是酒精的损害，就有可能会影响心脏的正常发育，可以导致患者三尖瓣的形成出现异常，导致患者出现三尖瓣下移畸形。

　　根据临床报道，有些孕妇在早期服用锂剂会导致三尖瓣下移畸形的风险升高。少数患者发生三尖瓣下移畸形可能和遗传有关，有些患者的家族内存在异常的基因，异常基因可以导致家族出现聚集性发病的现象。