目前并不能够确定新生儿小耳畸形的真正病因，但是普遍认为和外界因素有关。

　　有可能是因为怀孕期间头三个月的时候，受到外界环境的一些不良影响，例如放射性的刺激、病毒污染、物理因素等，导致胎儿的生长发育受到刺激，因此会出现基因突变，导致小耳畸形。

　　因为胎儿耳部发育相对来讲比较早，通常在怀孕两个月末的时候已经初步成型，在这个阶段如果受到干扰，就有可能会影响耳部的正常发育，诱发小耳畸形。另外，目前对于新生儿的小耳畸形，并没有定论是家族遗传因素，是否和遗传存在关系。