病情分析：现在怀孕40天，做流产时间早一些，一般最佳的流产时间，是在怀孕50天左右，B超提示孕囊在两厘米左右。

处理意见：建议你在怀孕45~50天左右，去憋尿做B超，先排除宫外孕，确定孕囊在子宫内，根据孕囊的大小，来决定流产的时间就可以。