肠系膜上动脉一旦出现血栓的形成，应该积极的治疗。在非手术疗法中，应该注意积极控制原发病。动脉造影后，动脉持续输入因素减并使用尿基酶来进行溶栓。

　　而手术治疗栓塞位于某一分支，累积局部肠管坏死，行肠切除术和小肠吻合术。栓塞位于肠系膜上动脉主干，全部小肠和右半结肠以坏死，则行全部小肠和右半结肠的切除术。术后肠外营养支持栓塞位于肠系膜上动脉主干肠管胃坏死，行动脉切开取栓，如取山后肠系膜上动脉的上段无血，或血流减少，则应该进行搭桥吻合。