如果处于急性的感染发作期，主要就是吃一些抗生素药物，相对来说效果比较好。肛瘘是属于感染性质的疾病，原则上来说能够手术治疗的还是要尽量手术治疗，单纯的通过药物的治疗效果并不理想，容易反复的出现临床症状，会导致肛瘘进一步的发展，可能会由低位的肛瘘发展成高位的肛瘘，由简单的肛瘘发展成复杂性的肛瘘。

　　肛瘘的治疗原则是能手术治疗则尽量手术治疗。如果患者的手术时机尚不成熟，也可以先使用抗生素药物进行对症的治疗。另外，还可以使用一些中药制剂做肛门局部的清洗，或者是使用稀释的高锰酸钾溶液进行坐浴，对于局部疼痛的缓解也具有良好的帮助。