先天性高肩胛症最主要的危害还是导致病人出现畸形的情况，往往会发生在一侧或者是双侧，主要表现为两肩不对称，患侧肩胛骨比较小，向上方或者前侧突起，伴有旋转，肩胛骨高于肩侧，患侧颈部会变短，颈肩弧度变小，呈耸肩，短颈的外形。同时肩关节外展上举功能会明显受到限制，患者肩胛带肌肉不发达，头颅向患者倾斜，这就是先天性高肩胛症的危害。

　　临床中导致病人出现先天性高肩胛症的原因，目前不是很明确，可能是因为肩胛带在胚胎期内没有完全下降而导致的。