先天性高肩胛症的临床症状主要还是表现为畸形，可以发生在一侧或者是双侧，主要表现为两肩不对称，患者肩胛骨比较小，向上方或者是前侧突出，伴有旋转，肩胛骨高于肩侧，患侧颈部比较短，颈肩弧度变小，呈耸肩短径的外形。

　　同时肩关节外展上举功能明显受到限制，换至肩胛带肌肉不发达，头颅多向患侧进行倾斜，并且病人常常会合并有先天性脊柱侧突，半椎体、椎体缺如、肋骨缺如等，这就是先天性高肩胛症的临床症状。