临床上最常用的治疗阿米巴痢疾的药物是硝基咪唑类药物，主要有甲硝唑、替硝唑等，遵医嘱使用二氯尼特可起到杀菌的作用。如果阿米巴痢疾同时合并有细菌的感染，可遵医嘱使用抗感染药物来控制炎症反应。

　　临床医生会结合阿米巴痢疾及病人的具体情况来选择合适的用药方案。有部分阿米巴痢疾会诱发直肠肛管瘘、直肠阴道瘘，这时需要接受手术治疗。临床上常用的手术治疗方式有挂线疗法以及瘘管切开术。