造成肠道菌群失调症出现的原因比较复杂多样，一般认为可能和单种或者多种因素有关。比如患者在服用抗生素、免疫抑制剂、激素以及抗肿瘤药物之后，可能会抑制或促进部分肠道菌群生长，从而引起肠道菌群失调。

　　当然平时不良的饮食习惯也可能会影响到肠道菌群的种类和数量，破坏肠道菌群的平衡，出现肠道菌群失调者对于年龄较小的人群，因为免疫力较差，所以也容易出现此病。化学制剂、辐射等均可以导致肠道菌群失调。