肠道菌群失调症的药物治疗有多，具体如下：

　　一、对于腹泻症状较为严重的患者还需要配合医生服用止泻类的药物，防止出现水电解质紊乱以及酸碱平衡失调等。

　　二、对于肠道菌群失调症还需要遵医嘱服用微生态制剂，主要包括益生元以及益生菌等药物，能够刺激生理性的细菌生长繁殖，补充肠道菌群，调节菌群平衡。

　　三、对于存在于原发疾病的肠道菌群失调症，应该要积极的治疗原发疾病，可以选择药物或者手术。