巧克力囊肿的治疗方法主要有药物治疗和手术治疗，具体的方法需要根据病情的严重程度来决定，具体如下。

　　一，如果检查时发现囊肿比较小，而且症状比较轻微，并且有生育要求的情况下，可以使用药物治疗，大多数患者通过服用药物后能够得到有效控制。

　　二，如果症状比较严重，囊肿比较大，或者年纪偏大，已经没有生育要求，这时可以进行手术治疗，比如子宫全切术或者双侧卵巢全切术。建议患者最好及时就医，在医生的指导下采取相应治疗，避免耽误病情。