巧克力囊肿在治疗上主要以药物治疗和手术治疗为主，但是具体的方法需要根据病情的严重程度来决定，具体如下。

　　一、如果症状比较轻微，囊肿比较小，可以在医生指导下使用非甾体类抗炎药或激素类药物进行治疗。药物治疗的主要目的是为了抑制卵巢功能，阻止病情继续发展。二、如果症状比较严重，或者囊肿比较大，保守治疗效果并不理想，需要及时采取手术治疗，切除病灶，恢复正常的解剖结构，建议患者最好到医院咨询一下医生，根据个人情况进行选择。