先天性短结肠一般是不能够自愈的，需要通过手术的方法进行治疗，手术也是唯一的可以治疗的方式。具体的手术方法取决于患者的情况，通常是进行分期手术，或者是采用一次性的根治手术。

　　分期手术一般是先进型单纯的肠造瘘，待患者病情稳定之后，再进行环瘘的手术，并且进行肛门成型。根治性的手术一般是经骶尾入路，或者是经腹会阴联合进行一期的肛门成型术。在手术之后要合理地使用抗生素药物，防止出现感染的情况。另外也要注意调整饮食结构，避免辛辣刺激性的食物，减少油炸的食品，尽量地以柔软好吸收的食物为主。