先天性短结肠如果出现了腹泻的情况，可以口服止泻的药物，单纯地通过药物治疗效果并不理想。先天性短结肠主要的治疗方法是需要通过手术进行治疗，手术也是唯一的可以治疗的方法。

　　先天性短结肠在临床上较为少见，一般是属于肠道的发育畸形，一般在出生以后就会发病，往往会合并高位的肛门直肠的畸形，先天性短结肠综合症，在诊断明确之后，需要及早进行手术的治疗，一般是进行分期手术，或者是进行根治性的手术。在初期可以先进行单纯的造瘘手术。另外就是进行根治性手术，一般是经腹会阴或者是骶尾入路进行肛门的成型手术。