食管囊肿一般是不会自愈的，即使囊肿体积比较小，但是随着时间延长，囊肿也不会自行吸收，会一直存在。如果目前囊肿体积比较小，而且患者也没有明显不适症状产生，可以先不做特殊处理，先观察，但是在观察期间要定期到医院做复查，让医生了解囊肿的发展情况。

　　但是如果囊肿体积是比较大的，是需要及时采用手术治疗的，通过使用手术把囊肿体积进行切除，这样可以避免囊肿继续增大带来的危害。