先天性巨结肠的并发症主要就是发生粪便的排出困难，可能会出现顽固性的便秘，需要借助开塞露促进粪便的排出，或者是通过灌肠的方式才可以诱导粪便排出。还有一部分患者由于肠腔内长期有粪便的潴留，可能会使肠壁变薄，出现血液循环的障碍，甚至是发生肠壁的破裂，进而可能会导致腹腔内的感染，发生水电解质紊乱以及酸碱失衡的情况。还有一部分患者可能会伴有小肠或者是结肠的炎症。

　　先天性巨结肠在诊断明确以后，通常需要通过手术的方法进行治疗，解除肠道梗阻的症状，术后合理使用抗生素药物防止感染的发生。