先天性巨结肠手术后遗症主要就是会发生吻合口瘘或者是吻合口狭窄的情况。还有一部分患者可能会导致吻合口瘘以后出现腹腔内感染的情况，进而可能会有肠梗阻，腹部疼痛等临床表现。

　　先天性巨结肠在诊断明确以后，主要的治疗方法是通过手术进行治疗，如果治疗不及时，可能会影响到患儿的生长发育以及生活质量，如果出现了肠穿孔等严重的并发症，还可能会危及患者的生命。目前在临床上手术治疗是先天性巨结肠的重要治疗手段，根据患者的具体情况选择合理的手术方案，术后加强护理，合理使用抗生素药物，减少术后的后遗症以及并发症。