心房扑动大多是器质性的心脏病所致，因此治疗原发病很重要。有时当原发病未能纠正，心房扑动虽然用药物控制，但很容易发作。

　　心房扑动时，心室率常增快，由于活动时更明显，原发病的患者影响较大，故原则上除了对极短阵发作的心房扑动，且无器质性心脏病的依据的患者可以观察外，对其他患者均应及时的纠正，使心房扑动转为窦性心律，及时变为心房颤动，也比心房扑动要好，最起码应将心室率下降。

　　阵发性或持续性心房扑动的治疗目的，也有终止发作，维持治疗，已经采用导管射频消融术或外科手术，达到根治的目的。