附睾畸形主要是跟先天性因素有很大的关系。附睾畸形的发生可能是与胚胎发育过程中内分泌功能失调等有关系。因为睾酮水平的低下，中肾小管以及中肾管不发育，或者发育不全，从而形成各种类型的附睾畸形。

　　如果中肾管完全不发育，则可以导致先天性的附睾输精管缺如。如果发育在某一部位终止，则会形成该部位的闭锁。

　　当附睾管比较曲折，盘绕障碍时，可以出现副高明显的延长，发生附睾畸形。附睾畸形最为严重的危害是会导致男性不育症，一般不会有其他的临床症状。