舌咽神经痛的病因往往是由于各种因素导致舌咽神经传入的冲动，和迷走神经出现短路，而这些病因有可能是因为炎症自身免疫系统的疾病、恶性肿瘤、局部蛛网膜炎、动脉瘤导致舌咽神经出现神经的脱髓鞘性病变，这些患者就容易出现舌咽神经痛。

　　此外，如果患者存在一些微血管，对舌咽神经造成压迫，也容易使患者出现舌咽神经痛。

　　舌咽神经痛的患者往往在舌根部、咽喉部、扁桃体部、耳根部、下颌部位出现剧烈的疼痛。这种疼痛往往是突发突止的，每次发作持续的时间可能为几秒钟到数10秒钟。