胃食管反流性疾病的发病机制不是完全清楚，推测可能与以下因素有关：

　　第一、胃内容物反流至咽喉部，造成了咽喉部屏障结构的功能障碍。

　　第二、由于我们咽喉部的黏膜平时存在于弱碱性的环境中，而缺乏抗酸的保护机制，当胃内或食管内的蛋白酶、胃酸以及胰酶反流至咽喉部时，可以引起咽喉部的鳞状上皮蛋白、碳酸酶、热休克蛋白等产生变性，从而造成损伤，导致咽喉部的不适，胃内的酸性物质也可直接损伤咽喉部。

　　第三、反流物刺激食管远端发生的迷走神经反射，可以引起咳嗽、清嗓，从而损伤声带的黏膜。

　　第四、一些不良的饮食、生活习惯、精神压力大、精神抑郁也可以引发该病。阻塞性睡眠呼吸暂停低通气综合征，被认为是与胃酸反流有关。其次，幽门螺旋杆菌感染也可以引起反流性咽喉炎。