自身免疫性疾病的病因是有很多，而比较常见的有可能是自身抗原的出现，比方说自身当中有很多隐蔽的抗原释放或者是自身的抗原抗体发生反应，从而对机体的自身组织造成了一定的损伤而发病。另外一种就是有可能自身的免疫调节出现了异常，比方说许多免疫细胞的激活或者是T细胞的功能失衡等这一系列的免疫细胞或者是免疫通路的异常，也有可能会导致自身免疫性疾病的发生。另外一种可能会有交叉抗原的出现。

　　自身免疫性的疾病确实有一定的遗传的倾向。但是，自身免疫性的疾病并不是一类遗传病。所以，自身免疫性的疾病的发生与身体的自身抗原免疫调节、交叉抗原的出现或者是遗传因素等都有关系。