目前脓毒症的根本的发病机制，还没有完全的明了，会涉及到全身非常复杂的炎症产生的反应，有基因的多态性，还有免疫功能的障碍，凝血功能异常，组织细胞的损伤。还有患者对不同感染的病原体，以及释放的毒素的异常反应，有多个方面与患者本身多系统，多器官、病理、生理改变都有密切的关系。

　　主要与一些毒素有关，比如细菌类毒素、炎性介质产物，还有患者本身的免疫功能紊乱，以及肠道细菌内毒素的移位、凝血功能紊乱，还有基因多肽性。这些都会导致患者出现感染症状，同时引发休克和多器官功能出现衰竭的病理状态。