新生儿肛门和直肠畸形属于中医学肛门闭塞锁肛的范畴。一般认为多数因为先天禀赋不足，父母精气不足，胎儿在孕育阶段，母亲营养不良等导致。本病主要是由于后肠发育障碍导致畸形。

　　在胚胎4~5周泌尿生殖道和肛管共同开口于泄殖腔，在泄殖腔的不同部位，上皮细胞的类型有显着差异，泄殖腔分割过程障碍，导致尿生殖窦何刚没直肠斗之间相通，构成高位和中间位畸形。在女性有泄殖腔畸形、直肠阴道瘘、直肠前庭瘘，在男性会导致直肠尿道球部瘘，肛门直肠发育不全等畸形。