直肠阴道瘘的治疗目的是闭合瘘管，避免复发，同时保护肛门括约肌的功能，缩短愈合时间，由于瘘口迁延不愈，有滋生大量细菌的粪便的长期刺激，往往合并不同程度的局部感染，瘘口周围常常形成纤维瘢痕组织。

　　因此，保守治疗常常难以奏效，可以行手术修补。根据阴道瘘的不同类型、瘘口大小，可以选择不同的手术方式，手术的目的是恢复有正常控制排便能力的功能。直肠阴道瘘由于病因复杂、种类也多，应当慎重的选择手术时机以及手术方式，直肠阴道瘘可以行单纯直肠阴道瘘修补术，也可以行经肛门括约肌的直肠阴道瘘修补术。