性腺发育不良的主要原因是因为染色体的异常而引起的。性腺发育不良也称为性染色体遗传性的疾病，主要就是由于性染色体的异常。在女性上可以表现为卵巢是不能生长和发育的，没有原始的卵泡，也没有卵子。女性的体内是缺乏女性激素的，从而导致第二性征的不发育，或者是出现原始性的闭经。而男性则有可能是表现为阴茎的短小、睾丸的容积减小，患者有可能会出现皮下脂肪的增多、肥胖症，胡须、喉结、毛发等这一系列的第二性征也不出现。

　　所以性腺发育不良性的疾病主要是性染色体来决定的，导致体内缺乏一定的性激素，来刺激体内性器官的发育。所以性腺发育不良的主要的治疗方法，也是通过外源性的补充性激素来进行治疗。