慢性肠炎临床表现为长期慢性的反复发作的腹痛、腹泻、便秘交替以及消化不良等症状。重的患者可以有粘液便或者水样便，腹泻程度轻重不一。轻的每天可以解大便3到4次，糊样或者腹泻和便秘交替出现。重的可以每1到2小时一次，甚至出现大便失禁的现象，部分患者可以有夜间腹泻或者是餐后腹泻。

　　直肠受累的时候，可出现里急后重症状。粪便可会有大量的粘液，常带脓血。部分患者可出现鲜血便，则病变限于直肠，呈出血性的直肠炎。血液和大便分开排出，或者粘附于正常的干燥的粪便表面，常被认为是痔疮出血。

　　直肠炎患者经常排黏液血便，病变若扩展到直肠以上的话，血液往往和大便混合在一起，出现出血性的腹泻。按压脐周或者下腹部，可以出现压痛、肠鸣音亢进、脱肛等现象。