肛瘘是肛门直肠周围脓肿的后遗病患，所以肛门直肠周围脓肿是引起肛瘘的根本原因。脓肿破溃或切开后不能愈合，最终会形成瘘管，因为肛门直肠周围脓肿破溃或切开多在肛门外，脓液从外口流出原发感染。

　　因此多在肛窦，肛窦则是继发感染的门户，反复感染会形成肛瘘，瘘道多在肛门括约肌之间通过，由于括约肌经常不断地收缩与舒张压迫瘘道，影响脓液的排出而导致瘘道难以愈合。

　　另外直肠内有一定的压力，直肠感染物质如粪便、气体和经常不断地从内口进入瘘道刺激机腔壁，继发感染后由外口排出，也造成了瘘道和肛瘘。