女性发生巧克力囊肿的原因如下：

　　1、经期经血逆流，女性在月经期脱落的子宫内膜和经血，通过逆流经输卵管进入盆腹腔，种植在卵巢表面，并在该处继续生长蔓延，形成卵巢部位的子宫内膜异位症，临床上称为卵巢巧克力囊肿。

　　2、先天性的阴道闭锁或宫颈狭窄，月经期、精血受阻、难以排出，就会逆流进入盆腹腔，种植在卵巢表面。

　　3、盆腹腔手术。比如剖宫产后，腹壁瘢痕或分娩后因切口出现异位症，而出现脱落的子宫内膜、异位到卵巢表面。另外，女性多次人工流产、输卵管通液等手术操作也会增大子宫内膜异位症的发病几率的。