慢性腹泻的治疗主要是对症治疗和病因治疗。对于乳糖不耐受和乳糜泻的患者，需要剔除食物中的乳糖或者是麦胶的成分，对于过敏性的或者是药物相关性的腹泻，要避免接触过敏原和停用相关的一些药物，比如抗生素等。对于但严重吸收障碍引起的腹泻，可以用比如考来烯胺吸附胆汁酸，从而止泻。

　　对于炎症性的肠病，比如溃疡性结肠炎等，可以选择氨基水阳酸制剂，还有糖皮质激素来治疗。对于消化道肿瘤引起的慢性腹泻，应该及时的手术切除，并且给予放疗和化疗。对于慢性胰腺炎引起的腹泻，应该考虑补充胰酶等消化酶，对症治疗主要包括止泻药以及给予补液支持治疗，防止脱水，纠正电解质紊乱，达到酸碱平衡。另外给予肠道的微生态制剂，对于有疼痛的患者可以给予解痉止痛的药物，有感染的患者应该给予抗生素。