在临床上对于鳃裂瘘管的治疗主要是以手术为主，手术即可根治鳃裂瘘管所引起的患者耳内流脓，或者是颈部的瘘口流脓、口腔异味、疼痛、发热等相应的症状。

　　但部分患者因为身体状态或者全身症状，或者是需要择期手术的患者可以临时采用碘油或者是三氯乙酸等烧灼瘘管口，或者是用盐酸奎宁、25%的水杨酸钠或者是生理盐水，甲硝唑溶液等来冲洗瘘管，此种办法也可以缓解病人的症状病情，减轻炎症反应，可以鳃裂瘘管的病情得到缓解，可以最大程度的延缓手术，而可以择机采取手术治疗。