肛门尖锐湿疣容易复发或者继发感染，很难自愈。一旦明确肛门尖锐湿疣应当积极的给予治疗，原则上避免再接触，保持局部清洁干燥，治疗上采用内外治疗相结合的措施。

　　内治重在抗病毒，增强免疫力，外治重在根除疣体，并消除潜伏期疣和亚临床症状。可以通过中医中药进行调理，口服逍遥散和桃红四物汤，起到补气活血的作用，口服疏风解毒汤起到清热解毒的作用。还可以应用理疗，以液氮或二氧化碳干冰治疗。还可以应用免疫疗法、针灸疗法，应用干扰素进行治疗。还可以通过手术切除，行肛门尖锐湿疣烧灼切除术，定期复查，防止复发。