诊断肛管直肠癌，可以通过查体及辅助检查。有时通过直肠指诊可以触即肛管或肠腔内有肿块或溃疡，肠腔狭窄，指套退出时，可见染有脓血、粘液及坏死组织。癌肿侵犯肛管，腹股沟淋巴结可有转移性增多，触之半疼痛，质地比较硬。

　　也可通过内镜检查及病理组织学检查确诊，通过内镜检查可以明确病变的部位范围。还可以行活组织检查，活组织检查必须在肿物及溃疡边缘不同的位置取3~5块组织。还可以行直肠腔内超声检查，判断直肠癌与周围脏器的关系。还通过超声内镜判断癌肿浸润的深度。