治疗肛门疣原则上应避免再接触，保持局部清洁干燥，治疗上应当采取内外治疗相结合的措施。内治重在抗病毒，增强免疫力，外治重在跟除疣体并消除潜伏期疣和亚临床症状。

　　可以应用理疗，以液氮或二氧化碳干冰治疗肛门疣。还可以应用病毒灵全身用药，适用于一些难治的疣。还可以应用中药进行调理，口服逍遥散和桃红四物汤，起到补气活血的作用。还可以应用免疫疗法、针灸疗法治疗肛门疣。还可以行手术治疗，行肛门尖锐湿疣烧灼切除术，手术后送检病理，还应当定期门诊复查，防止复发。