行直肠指检时应当选取侧卧位、膝胸位或截石位，检查者四指戴涂润滑剂的指套，首先从肛周皮肤开始，注意肛周有无硬结肿物，有无触痛波动感。如果皮下触及绳索状硬条应当触之其走向及深度。如有破溃口及间断愈合，反复破溃发作，应当考虑肛瘘。

　　直肠指诊时如果无阻力地通过肛管，应当注意有无肛门失禁，让患者主动收缩肛门，检查其收缩力。如果通过困难，应当注意检查有无肛管直肠环狭窄。如果有狭窄，应当确定狭窄的部位，区分是环状狭窄还是带状狭窄。

　　如果感觉肛管内有烧灼感，多为肛管或其周围组织的急性炎症，此齿状线区若触及硬结凹陷或压痛，通常为肛窦炎或肛瘘内口。