肛门部皮肤因脓液及其他排出物刺激，脓液不断刺激肛周皮肤，常感到皮肤瘙痒，肛周潮湿不适，皮肤变色，表皮脱落，纤维组织增生和增厚，有时形成湿疹。

　　瘘管通畅无炎症时通常无疼痛，只有肛门局部略有肿胀感，行走时可加重病情。若外口封闭，瘘管存浓积液，或粪便进入瘘管，则会疼痛加重或排粪时疼痛加重。而内盲瘘则常感直肠下部和肛门部灼热难耐，排粪时疼痛加重。

　　排脓是肛瘘的早期主要症状，通常来说新生成的瘘管排脓较多，脓汁粘稠，黄色味臭，瘘管日久的排脓相对较少，或时有时无，稀淡如水，若脓量增加，则是新瘘管生成。

　　因为瘘管壁及瘘口的反复刺激，导致纤维组织增生，在管壁和瘘口形成质韧的结缔组织，一般表现为瘘管周围皮肤变色，表皮脱落，凹陷变形，触及条状硬结通向肛门内。