诊断先天性肛门直肠畸形可以通过视诊、指诊以及辅助检查，通常需要与下列疾病相鉴别：

　　一、肛裂，有肛管上皮非特异性放射状重型溃疡，肛门部有排便周期性疼痛，伴有便血或便秘，常常并发皮下瘘管、哨兵痔以及肛乳头肥大。

　　二、直肠肿瘤通常导致直肠狭窄，一般病史比较短，多有暗红色血便或脓血便。如果患者位置比较低，指诊可触及肿块不规则，凹凸不平，质硬，压痛，指套上血染。有时还应当与慢性溃疡性直肠炎相鉴别。直肠多发性溃疡在愈合过程中形成广泛的肉芽肿和大量瘢痕，容易导致直肠狭窄。