检查先天性肛门直肠畸形可以通过x线准确地测量直肠闭锁的高度，了解直肠末端与耻骨直肠肌的位置关系，以及有无泌尿生殖系瘘，腰骶椎畸形的存在。还可以行倒立位摄片是确定直肠盲端位置高低的传统方法。还可以行瘘管造影，经瘘口插入适当大小的导管，注入对比剂，会阴肛门区放置金属标志，进行x线摄片，测定直肠盲端的高低以及肠腔扩张的情况。

　　还可以行膀胱、尿道造影至尿道注入碘化钠溶液，摄x线片，了解瘘管情况以及与直肠的关系。还可以行B超测距法，准确测量直肠盲端与会阴肛区皮肤的距离。