先天性直肠肛门畸形患者，如果瘘孔比较大，排便无明显障碍，可以先保守治疗，待患儿6个月以后再考虑手术。平时应当保持肛周清洁，经常用温盐水或中药坐浴熏洗。多吃一些清淡的容易消化的食物，避免食用烟熏的、油炸的食品，一些辛辣刺激的食物，比如辣椒、芥末等不能够食用，一些烟熏的油炸的食品也不能够食用。

　　平时可以应用一些中药进行调理，口服麻仁丸起到润肠通便的作用，应用补中益气汤和润肠丸，起到益气养阴，润肠通便的作用。如果患者有瘘孔或小瘘孔的低位形成，应当出生后立即手术，术后保持肛周清洁，积极的给予抗生素预防感染。