先天性直肠肛门畸形患者手术时应当注意在分离的过程中不能够损伤尿道，术中操作要轻柔，不要损伤括约肌。术后两周开始每天扩肛，坚持半年，积极的给予抗生素抗感染治疗。平时应当保持肛门清洁，应用温盐水或中药坐浴熏洗。如果患者手术后排大便困难，还可以应用开塞露灌肠协助治疗。

　　平时应当注意饮食调理，多吃一些清淡的容易消化的食物，多吃一些新鲜的蔬菜，比如菠菜、白菜或油麦菜等。还可以吃一些新鲜的水果，比如橘子、橙子或苹果，含有丰富的维生素，有利于营养物质的吸收。另外还可以适量的喝一些蜂蜜或液状石蜡油，软化大便，润滑肠道。