亚急性甲状腺炎的病因一般常见的是和病毒感染有一定的关系，而且也是亚急性甲状腺炎最主要的病因。在发病前的1~3周有病毒的感染史，患病期间血清中某些病毒，比方说柯萨奇病毒、腮腺炎病毒、流感病毒、腺病毒等，抗体的低度是升高的，亚急性甲状腺炎还有一定的遗传因素，遗传因素也可以参与。

　　亚急性甲状腺炎多种报道显示，HLAB35阳性的患者易易患有亚急性甲状腺炎。另外一个就是免疫的因素，各种抗甲状腺自身抗体在疾病活动期是都可以增高的，而疾病缓解后这些抗体是消失的，可能继发于甲状腺滤泡破坏后的抗原释放，所以说亚急性甲状腺炎的病因是有很多。