侏儒症的病因一般分为原发性和继发性两类，原发性的患者病因尚不明确，多为先天性发育不全或者是遗传疾病而导致的。可能为常染色体的隐性遗传一般是呈家族性的，以单独的生长激素分泌不足为主，而且男孩比女孩的发病率要高一些。

　　继发性的垂体性侏儒症往往是可以找到病因的，往往都是下丘脑垂体的疾病，比方说肿瘤、感染、颅脑的外伤、手术或者是放疗等因素，直接损伤了垂体，或者是损伤了下丘脑，或者损伤了垂体门脉系统中断，而导致垂体性的激素分泌不足从而发病。一般下丘脑垂体部位的肿瘤是继发性垂体性侏儒症的一个重要的原因。