小儿干燥综合征是一种自身免疫性疾病，出现小儿干燥综合征的具体病因，与三个方面有关系。首先是遗传因素，通过免疫遗传的研究，发现某些人类白细胞抗原基因频率与干燥综合征有关系。

　　其次是病毒的原因导致，EB病毒是一种常见的感染人的疱疹病毒，可以影响唾液腺。在干燥综合征的患者的唾液腺泪腺组织中，可以找到EB病毒的早期抗原和DNA。

　　最后一个影响因素就是免疫学的异常，干燥综合征患者周围血中的T、B淋巴细胞明显分化成熟和功能异常，可以导致出现有干燥综合征的情况。