针对于临床上出现的淋巴细胞减少症，应该要根据病因来治疗。一般主要是针对由于病毒感染所引起的，可以选择抗病毒药物，如干扰素，还可以选择阿昔洛韦、利巴韦林、奥斯他韦等。

　　如果是真菌感染所引起的，可以选择伊曲康唑、氟康唑、制霉菌素、两性霉素B、5-氟胞嘧啶、酮康唑等。对于细菌感染可以选择敏感的抗生素，比如青霉素类、头孢菌素类、大环内酯类以及喹诺酮类等药物。

　　对于有卡氏肺囊虫肺炎患者可以选择复方新诺明。对于隐孢子虫病的患者，可以使用乙酰螺旋霉素治疗。还可以适当的使用一些提高免疫力的药物，比如白细胞介素、冬虫夏草等。