淋巴细胞减少症引起的原因有很多，包括遗传因素，先天基因遗传而导致淋巴细胞分化发育成熟障碍。另外就是获得因素，包括血液系统疾病，比如再生障碍性贫血、淋巴瘤，还有各种病原体的感染，比如病毒、细菌。

　　还有医源性的因素，比如使用了一些免疫抑制剂，使用了一些抗恶性肿瘤的放疗化疗的药物。此外还做了一些透析治疗等，都可能诱发淋巴细胞减少。

　　还有自身免疫性疾病，比如系统性红斑狼疮、类风湿性关节炎。另外还有一些其他因素，比如营养不良、缺乏锌、酗酒、胃肠功能障碍等，都可能会引发。