乳腺囊肿是一种良性病变，一般不会恶变。
在过去的一段时间，如果初次确诊为乳腺囊肿，而囊肿又没到手术的最佳大小，医生一般都会建议患者回去注意饮食，定期复诊。在囊肿稍大的时候，医生会建议采取抽吸或者微创手术。
对于较大单发囊肿，如囊肿已大于三厘米，可以考虑超声引导下穿刺抽吸，对部分患者效果较好。抽吸后给予加压包扎，促进囊壁的贴合。但此法的弊端在于对囊壁没有很好的破坏，故一部分病人短期疗效较好，时间长了囊壁仍有可能继续分泌，囊肿仍有可能增大。还可以选择微创手术治疗，即用微创旋切设备通过几毫米宽度的孔道将囊液及囊壁抽吸而出。此种方法不仅抽吸囊液，对囊壁也造成充分破坏，不宜复发。
传统的手术方法为切开完整切除囊肿，此法因为创伤大，有手术疤痕，已较少采用。
等到囊肿变大再进行手术治疗的方式，有效，但是如果在发现囊肿，又达不到手术治疗的时候，采取保守治疗（蓓瑞维奥可有效消除不需手术治疗的乳腺囊肿），完全可以阻止囊肿的继续发展，也就不需要手术治疗，从而避免了手术对乳房外形的破坏。