引起性交疼痛的原因很多，有生殖器官和泌尿系统的疾病、先天性畸形等。
典型的病变是接近阴道后穹隆的子宫骶骨韧带上有内膜异位结节，盆腔内炎症和腹膜脏器粘连，阴茎插入触到结节上，在与阴道黏膜的摩擦过程中，使腹膜摇动而牵动脏器引起疼痛。
另外，阴道特殊性过敏，如避孕工具的使用过敏，也会出现疼痛。新婚第一次交媾撕裂处女膜和扩张阴道口，也可使最初几日产生痛楚和交媾稍有困难。新婚精神兴奋以及带来的忙碌劳累，也会使交媾不完全满意，因而新婚后一般已过3～4周后才能达到满意交媾的程度。仓促交媾，即在女性性兴奋没有完全唤起之前，阴道缺乏膨胀和润滑，这时将阴茎插入，或动作稍猛地插入，常有引起暂时的疼痛，性兴奋便会受到抑制，随着阴茎的抽插摩擦，疼痛可能会加重，尤其是高度敏感的阴蒂部位。它具有丰富的血管和神经组织，在没有性兴奋和干燥情况下，不仅会产生疼痛，而且心理上还会产生一种难以忍受的厌恶感。
在无器质性病变的情况下，性交疼痛主要是阴道润滑不足造成的。性唤起不够的原因主要有两个方面：一是交媾准备工作不充分，即拥抱、接吻、爱抚等调情动作不够；二是有交媾焦虑、恐惧、思想不集中，以及工作生活中带来的抑郁不快等。